ارتقاء الوعي في الجامعة : التحق الأخ محمد علي سنه 1983 م بكلية الحقوق في فرع جامعة القاهرة في الخرطوم ، وواجه فيها تيارات فكرية وسياسية متعددة ، لكنه توخى الحذر في التعامل معها جميعاً . فكان يتردد على أركان النقاش ويتجول بين الصحف ويسمع ويقرأ للجميع ، فلما أحاط علماً بتيارات الساحة قرّر أن يلتحق بالحركة الإسلامية السودانية . ومع انتصار الثورة الإسلامية في إيران لفت هذا الحدث انظار الحركيين في العالم السني إلى التشيع كمنهاج ديني ثوري قادر على قلب موازين الصراع الحضاري على مستوى العالم ، فنشأ بين الطلبة نوع تعاطف مع هذه الثورة وقد أسهمت حالة التسامح الفكري داخل الاتجاه الاسلامي في تعزيز هذه الاتجاهات والميول . يقول الأخ محمد علي : " في فبراير من عام 1986 م ، بينما كنا في " الجبهة الاسلامية " نعد العدّة للإنتخابات التشريعية ، وقعت أحداث دامية بالجامعة أثر مشكلة افتعلها اليساريون ، فتعرضت لإصابة كادت أن تؤدي بحياتي ، فلهذا تقرر أن انتقل من الخرطوم إلى موطني في الشمالية وهناك شاركنا في قيادة الحملة الانتخابية للجبهة " . تأثر بعض الجامعيين بالفكر الشيعي : يقول الأخ محمد علي : " كان معي في تلك الفترة أحد أقدم أصدقائي وكان على اتصال بمجموعة الثقافة الشيعية بالجامعة ، فتعرف منهم على بعض ملاحظات الشيعة على التاريخ الإسلامي ، ولهذا تشكلت لديه بعض القناعات التاريخية